Les amorces sont de petits morceaux d`ADN utilisés dans une technique biologique connue sous le nom de réaction en chaîne par polymérase (PCR). PCR est utilisé par les biologistes moléculaires pour amplifier des séquences de gènes pour une analyse scientifique plus sophistiquée, comme le séquençage de l`ADN, le clonage ou diverses applications biotechnologiques. conception Primer est une compétence qui doit être maîtrisé par tous ceux qui souhaitent étudier les gènes, et nécessite une solide compréhension de la biologie et de la génétique. Bien que les règles de conception d`amorce sont relativement simples, la complexité de la génétique, les plates-formes expérimentales et des systèmes informatiques ont donné lieu à des centaines de programmes de logiciels avancés qui peuvent être utilisés pour la conception primaire.
Tutoriel Conception Primer
Obtenez votre identité de gène pour la base de données Entrez Gene. Recherche pour la "RefSeq" identité de votre gène en entrant simplement le nom de votre gène dans la zone de recherche. Obtenir l`identité RefSeq ADNc de votre gène choisi (par exemple "NM_136342").
Télécharger le "FASTA" séquence. Ceci est le contenu nucléotidique de votre gène représenté comme alphabets et est essentiellement un fichier texte. Recherchez le "plus grand que" le symbole (gt;), qui signale le début de la séquence du gène. Soit sélectionner, copier et coller l`intégralité de la séquence ou cliquez sur le "Télécharger" bouton pour récupérer sur votre ordinateur.
Obtenez votre séquence de gène. Allez sur le site de BLAT ou BLAST (genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgBlat) et collez votre séquence FASTA format dans la zone de recherche. Cliquez "Soumettre."
Utilisez un outil de conception d`amorce professionnelle. Ceux-ci comprennent des logiciels tels que le perlprimer librement disponibles, ou plus sophistiqués mais commerciaux tels que VectorNTI et MacVector. Dans perlprimer (perlprimer.sourceforge.net/), télécharger simplement votre séquence dans le logiciel et cliquez sur "Trouver des amorces."
Vérifiez les amorces. Vous devriez voir amorces sens et antisens ("des paires d`amorces"), Avec des positions numériques sur la séquence, les longueurs d`amorce, la température de fusion et la séquence primaire complète. Vérifier que les paires d`amorces de toutes les règles de conception d`amorces, telles que faible formation de dimères d`amorces, la présence d`une pince GC à trois-prime-terminale (3 `) de l`amorce, et en ce qu`au moins une amorce se trouve enjambant une frontière intron-exon.
Vérifier les produits générés par les amorces. Exécuter une PCR électronique (par exemple, du NCBI ePCR) pour vérifier les types ou les propriétés des produits de gènes produits par les amorces lors d`une réaction PCR simulée.
