Comment calculer la température de recuit primaire

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Choses que vous devez

Pour amorces moins de 14 bases de longueur

Pour amorces plus de 14 bases de longueur

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Différentes formules peuvent être utilisées pour calculer la température de fusion de votre amorce.

Apprêts, également connu sous le nom "oligos," sont courts brins de nucléotides appelés oligonucléotides qui sont utilisés comme des séquences d`amorçage en chaîne par polymérase (PCR) Réactions. les amorces "paires de bases" aux extrémités de la séquence à copier, en fournissant des sites de fixation pour l`extrémité 3 `des nucléotides entrants. Une température optimale de recuit est basée sur la composition des amorces et permet un appariement de bases spécifique des oligonucléotides à la séquence d`intérêt. Plusieurs méthodes peuvent être utilisées pour calculer la température optimale de recuit, ou de Ta.

Choses que vous devez

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Crayon

Calculatrice

Pour Amorces moins de 14 bases de longueur

Ajouter le nombre de guanines et cytosines dans votre séquence d`amorce, puis ajoutez le nombre de adénines et thymines.
Multiplier les guanines totaux plus cytosines par quatre, et multiplier les adenines totaux plus thymines par deux.
Ajouter les deux totaux pour la température de fusion (Tm) de vos amorces, puis soustraire cinq pour optimale Ta. Ainsi, Ta = [4 (GC) + 2 (A)] - 5.

Pour Amorces plus de 14 bases de longueur

Trouver le nombre total de guanines ainsi cytosines dans votre amorce.
Branchez les guanines totaux plus cytosines dans la formule fournie par Promega: "Tm = 64,9 degrés C + 41 ° C x (nombre de G et de C est dans la couche de fond - 16,4) / N, où N est la longueur de l`amorce."
Soustraire cinq de ce total pour Ta. Ainsi, Ta = [64,9 degrés C + 41 degrés C (total G + C - 16.4) / N] - 5.
Utilisez la formule la plus simple à la place: Ta = 3 (guanines totaux plus cytosines) + 2 (adenines totaux plus thymines).