Comment calculer le déséquilibre de liaison

Déterminer la fréquence des haplotypes. Par exemple, si vous avez deux loci (A, B), chacun avec deux allèles (A1, A2, B1, B2), que il y aura quatre haplotypes: A1B1, A1B2, A2B1, A2B2. A titre d`exemple, supposons que les fréquences sont de 0,5, 0,25, 0,15 et 0,1, respectivement.

Déterminer les fréquences des allèles en termes de fréquence d`haplotype. Par exemple, pour trouver la fréquence de l`allèle A1, vous résumer les fréquences A1B1 et A2B2 (dans notre exemple, 0,5 et 0,25 respectivement, donnant 0,75) et pour trouver la fréquence de l`allèle B1, vous résumer les fréquences de A1B1 et A2B1 (dans notre exemple, 0,5 et 0,15 respectivement, ce qui donne 0,65).

Multiplier les fréquences des allèles A1 et B1 de l`étape précédente ensemble. Sous forme d`équation, cela ressemble (A1B1 + A2B2) * (A1B1 + A2B1). Dans l`exemple ci-dessus, les fréquences sont de A1 et B1 sont 0,75 et 0,65, respectivement. Multipliant les nombres ensemble donne 0,4875.

Soustraire la fréquence des haplotypes de A1B1 provenant de l`étape 1 par la valeur obtenue à l`étape 3. Le nombre résultant est le déséquilibre de liaison. Dans notre exemple, la fréquence des haplotypes de A1B1 est de 0,5 et la valeur de l`étape 1 est 0,4875, ce qui entraîne une valeur de déséquilibre de liaison de 0,125.